一，時間回到2023年，此時男主上初中，女主上高中。在彗星墜落的前一天三葉來東京尋找瀧，但此時對于男主來說不知道未來會在2023年與女主發生交換，故男主并不認識女主，女主傷心欲絕，將發結交予了男主。第二天，彗星隕落，女主“死亡“
2，三年后，即2023年，男主已經上了高中，才與女主發生了身體交換（女主也上高中，所以女主比男主大三歲)。男主從報紙上看到村莊消失和女主在死亡名單上，決定拯救女主。故男主喝了口嚼酒后回到了2023年彗星隕落的當天，而這一天，男女主發生了最后一次身體交換，也就是說，拯救村莊的其實是交換過身體后的女主，女主和村莊得救。因此，2023年死去的“女主“并沒有死去，從這天之后，男女主也開始忘記對方。故事又回到2023年開始發展，但是是從2023年發生過彗星隕落后開始發展，此時女主上高中（后面也提到，村民在彗星隕落當天正好在演習，故村莊得救)，男主上初中，二者已經忘記彼此，就這樣，男女主8年后重新相遇，故事結束。所以，女主一直比男主大三歲。
為什會出現男女主只在黃昏才能看到彼此？那是因為2023年的男主和2023年的女主不在同一個時空，只能在黃昏這個特殊的時間段才能看到彼此。
黃昏時，男主對女主說，發結我已經帶了三年，現在還給你，這與結尾2023彗星隕落前一天來到東京看男主的女主將發結送予還在上初中的男主相呼應。

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剛剛看完你的名字，哭成狗。給你講下結局吧。
彗星落下之后，瀧跟三葉不再交換身體。瀧開始尋找三葉，發現跟自己交換身體的三葉是三年前的三葉，而三葉在三年前的彗星事件中已死。但是瀧不相信，于是去了在交換身體期間與外婆一起去過的神體的地方，喝下了三葉的口嚼酒，起身的時候摔倒，手機光線照耀下看到了神體壁繪上的彗星并且再次與三年前彗星到來前的三葉交換身體。
這里是一個轉折，也就是改變歷史了。
交換身體后，因為是瀧的靈魂的三葉知道彗星會毀滅小鎮，于是跟好友一起發動了拯救計劃（過程略過），當然大家都不相信，于是瀧認為如果是真正的三葉就能說服自己的父親讓大家避難，這是還是瀧的靈魂的三葉前往神體尋找真正的三葉，在黃昏時分（傳說能看見不能時空人事物的時刻）三葉與瀧相遇，并在對方手上留下信號約定醒來后不忘記（當然還是忘記了）。黃昏過去，三葉與瀧分別回到三年前與三年后的世界，真正的三葉回小鎮拯救鎮民（這里略過具體拯救過程）。結果當然是彗星來臨，小鎮居民都沒死。回到現實的兩人都忘了對方，只不過隱約覺得自己一直在尋找什么人。一直到兩人都長大開始工作。……在某個東京早晨，相對開過的電車上的兩人相遇，一眼就確定對方是自己一直尋找的人，于是奔出電車尋找。在一個階梯前見到對方，但是不知道怎么開口，于是只能低頭擦肩而過，但是瀧還是在走過去之后回身喊住三葉問她:我是不是在哪里見過你。三葉回頭，笑著流淚回答:我也是。
到此，電影結束。這兩句對白是電影的最后臺詞。男女主最后在現實相遇。
我是不是在哪里見過你？
我也是！

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完美